Supercrunch

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View code. A visual overview of the major steps in SuperCRUNCH is shown below: SuperCRUNCH is scalable and can be used to assemble a variety of datasets, ranging from small population-level datasets one taxon, one gene to large phylogenomic datasets with thousands of loci such as UCEs or other sequence capture datasets.

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Produces supermatrix with 61 loci, 1, species, 13, sequences. Difficulty: Hard. Produces supermatrix with 1, loci, 18 vouchered samples, 28, sequences.

Difficulty: Easy. Kaloula-Species : Construct a species-level UCE phylogenomic supermatrix, which is a variation of the above tutorial.

Produces supermatrix with 1, loci, 14 species, 22, sequences. Trachylepis-Vouchered : Reconstruct a vouchered multi-locus phylogeography dataset from a published study.

Produces dataset with 4 loci, vouchered samples, sequences. Download PDF. Posters 'Take your time, i stay crunchy' - poster Download poster.

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